县农业局机关内设6个职能股室：

　　办公室　　
　　协助局领导综合协调机关政务工作；承办重大会议的组织、交接处理、政务信息、督查督办、宣传、保密、信访、档案和保卫工作； 负责有关综合性报告、文件的起草； 组织协调系统目标管理及重要事项的督查督办工作； 负责局机关计划生育后勤服务工作； 负责办理人大代表建议和政协委员提案工作；拟定局机关有关管理制度并组织实施。

　　人事劳资股
　　负责承办机关和直属事业单位的人事、劳动工资、机构编制工作；拟定农业技术推广队伍建设规划和有关政策； 负责农业系统公务员和专业技术人员的年度考核及职称的评聘及管理；组织农业行业职业技能鉴定工作；指导农业技术干-部的继续教育和培训工作； 负责并指导农业行业安全生产、劳动保护、伤残优抚、社会保险、就业服务等工作；承办出国(境)人员政审、 因公出国(境)、人员选派和涉农外国智力引进工作； 负责局机关离退休人员管理和服务工作，指导局直属事业单位离退休人员管理工作和服务工作；指导局属学会工作。
　
　　计划财务审计股(挂农业项目管理办公室牌子)
　　研究提出农业与农村经济发展战略和农业中长期发展规划，拟定农业开发规划并监督实施；负责农业资源区划工作；承办农业建设项目的筛选、立项、转报和审批工作，扶持具有示范效应的农业产业化项目；研究提出年度主要农产品、重要农业生产资料的进出口政策建议；研究提出有关农业和农村发展的财政、税收、信贷和保险政策的建议；拟定全县农产品市场体系建设规划并组织实施；预测并发布全县农产品及农业生产资料供求情况等农村经济信息；提出主要农产品和重要农业生产资料的流通及价格政策建议；管理有关农业资金，负责机关财务管理，指导和监管农业行业和直属事业单位的财务管理；负责招商引资、经济协作交流与农业行业审计工作；承担政府间农业涉外事务；组织农业对外经济技术交流与合作工作； 负责港、澳、台涉农交流与合作；指导管理国有农场工作。

　　政策法规、剑阁县农业行政执法大队(挂种子管理办公室)　
　　负责研究拟定农业产业政策，经批准后组织实施；承办农业有关规范性文件的起草、监督和检查工作；对其它部门起草的规范性文件中有关农业的条款提出审核意见；负责农业行政执法体系建设和农业法律、法规、政策的宣传、教育、咨询工作；承担农业行政复议工作；负责农产品残留、残毒检测监控和市场准入工作；负责农药、种子质量、经济林木、种苗管理；负责农作物产品质量和行业标准；负责农民负担、农村集体资产和财务、农业承包合同和服务体系建设的监督、管理。履行农业法律法规赋予的行政处罚、行政许可和行政强制职能。

　　生产科技教育股(挂无公害农产品办公室牌子)
　　研究拟定粮油、经济作物生产发展规划、计划和政策；负责粮油、经济作物重大项目的论证、立项，并组织实施；研究制定基本农田建设及农业综合开发的规划、计划和项目论证、审查，并组织实施；拟定农业科技、教育发展规划及政策，实施"科教兴农"战略； 负责农业社会化服务体系建设工作； 负责农业技术推广的管理工作；承办农业科研和技术推广项目的筛选与实施工作；管理农业科技成果；组织研究、拟定地方农产品质量标准，负责农产品质量标准的实施、检查、监督和管理； 负责农科教办公室日常工作；负责农业科普宣传工作；指导管理基层农业管理干部、农业技术人员及农民科技文化知识培训工作； 负责种子选育、审定、试验、示范、推广工作； 负责农业植物新品种和农业生物资源的保护、管理工作；指导农作物综合防治工作； 指导涉农社会团体、协会及研究会的有关工作；指导拟定绿色食品发展规划、计划和重要项目的立项并组织实施，指导绿色食品基地建设，负责绿色食品质量监督、 认证工作。

　　农村合作经济管理股(挂县农民负担监督管理办公室牌子)
　　研究提出深化农村经济体制改革的意见；提出稳 定、完善以家庭承包经营责任制和统分结合的双层经营体制的意见；指导农业产业化经营；负责农村集体经济组织建设工作、财务会计、资产管理和审计工作；负责农村土地使用权流转和农业承包合同管理等工作，管理农村集体经济收支，监测农民收入；监督检查农民负担管理的法律、法规和政策的执行情况，会同有关部门审核涉及农民负担的文件，查处农民负担案件，培训农村经济管理和农民负担监督管理工作人员；指导农村专业合作经济组织建设；负责农业社会化服务体系建设的指导与管理工作；负责农业生产和农村经济统计、农产品成本及农村物价调查工作。

　　县农业局内设事业站（办 、校）8个：
　　 剑阁县农业技术推广站
　　负责粮油生产及重大技术措施的制定并组织实施，指导粮油作物结构调整、 区域布局和耕作制度改革；负责粮油新品种、新技术、新材料、新模式的选育、筛选、试验、 示范和推广工作，并抓好产前、产中、产后配套服务工作。
　
　　 剑阁县植物保护检疫站
　 　负责农业植物病虫害测报区域站的建设管理、重大病虫害的预测预报及信息传递；负责农业植物病、虫、草害的综合防治技术开发和新技术的试验、示范和推广，开展农药、药械等植保配套服务工作，指导农用药械安全使用；负责全县农业植物疫情管理及行业植物产地和调运检疫、核发植物检疫证书；负责农业植物病、虫、草害防治项目的实施。
　　
　　剑阁县土壤肥料工作站
　　 负责农业资源区划、土壤资源调查评价、 改良培肥、开发利用； 负责耕地．保护及农业自然资源保护工作； 负责农田基本建设及农业综合开发项目的勘测设计、管理和组织实施；负责生态农业建设和农业可持续发展的组织协调工作；负责土壤保护技术、耕地保护技术、肥料使用技术、植物增产技术、节水灌溉技术的培训、推广及配套服务；负责土壤肥料新技术、 新品种的开发、实施、示范和推广。
　　
　　剑阁县经济作物技术推广站
　　负责经济作物(果树、蔬菜、药材、茶叶、花卉、棉花、蚕桑、烟叶、食用菌、麻类)生产及主要技术措施的制定，并组织实施；负责经济作物新品种选育、 引进、筛选、试验、示范和推广；负责经济作物重大项目的实施，指导经济作物的生产技术和产业化开发；负责"菜蓝子" 工程的实施和蔬菜基地的建设；负责蔬菜栽培新技术的培训、推广，开展经济作物生产的配套服务工作。
　　
　　 剑阁县农村能源办公室
　　　贯彻国家和省农村能源建设方针、政策，编制全县农村能源建设的中长期规划和年度计划；指导全县农村能源建设工作；组织实施全县农村能源建设项目；负责全县城镇生活污水净化沼气池建设；组织实施全县农村能源开发和节约；组织指导农村能源建设新技术；负责全县农村能源行业管理；制定规范农村能源建设市场的管理规定并监督执行。

　　 剑阁县蚕桑管理站
　　研究拟定全县蚕业发展战略，中长期规划和年度计划并组织实施；研究拟定蚕业产业发展政策，引导蚕业产业结构的调整优化，蚕业资源的合理配置；负责全县蚕桑、蚕种生产管理；负责蚕业产业法规的宣传、贯彻，蚕业行业有关法规、规章的实施和蚕业行政综合执法工作；负责蚕业新技术引进、试验和推广工作；负责对蚕茧经营机构、经营市场的管理，协调维护正常的蚕茧收购秩序，打击非法蚕茧收购和经营。

　　 剑阁县农业信息站　
　　负责农业信息服务体系建设的规划、指导，抓好农村信息员队伍建设和培训； 负责全县农业综合信息收集、整理、分析、上报和发布，为农业和农村经济发展，农业结构调整、农民增收提供及时、准确的信息服务；负责全局办公自动化建设、管理和维护。
　　
　　 四川省农业广播电视学校剑阁分校
　　 负责农业类大中专学历教育、农业职业技术教育、农民成人教育；负责农业高新技术培训、农业系统职工继续教育培训等工作。